Soğuk Savaş'ın sona ermesi Doğu Avrupa'da baskı altında tutulmuş bazı milliyetçilik hareketlerinin tekrar ortaya çıkmasına neden oldu. Çekoslovakya 1 Ocak 1993'de barışçı bir şekilde bölünerek Çek Cumhuriyeti ve Slovakya adı altında iki ülkeye ayrıldı. Yugoslavya’nın Dağılması ise kanlı oldu. 1992-1995 arasındaki Bosna Savaşı'nda 50.000 civarında insan öldü ve yüzbinlerce insan göçe zorlandı. Savaş ancak NATO'nun Deliberate Force Operasyonu sonucu sona erdi.
Yugoslavya'da ortaya çıkan bir başka etnik sorun da Sırbistan'a bağlı özerk Kosova bölgesinde oldu. 1990'da Sırbistan Kosova'nın özerkliğini kaldırınca nüfusun çoğunluğunu oluşturan Arnavutlar bağımsızlık istediler. Arnavutlara karşı Yugoslav ordusunun yürüttüğü operasyon 1998-1999 Kosova Savaşına yol açtı. Yugoslavya'nın sivil halka uyguladığı şiddeti engellemek için 22 Mart - 11 Haziran 1999 arasında NATO uçakları Sırbistan'daki bazı hedefleri bombaladılar. Yugoslavya barış istedi ve böylece Kosova'daki savaş sona erdi . Savaş suçluları için Lahey'de Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi kuruldu. Yugoslavya'da işlenen savaş suçlarından yargılanan Slobodan Miloseviç, 11 Mart 2006'da Lahey'de öldü. Bosna Kasabı olarak da bilinen Radovan Karadžić ise 21 Temmuz 2008'de yakalandı. Ratko Mladiç ise halen aranmaktadır. 17 Şubat 2008 tarihinde Kosova bağımsızlığını ilan etti.
8 Ağustos 2008 tarihindeki Rusya ve Gürcistan çatışmaları sırasında yanan Gürcü T-72 tankları.
Sovyetler Birliği'nin cumhuriyetlerinin dağılması ise daha kanlı olmuştur. 1988'de Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlı Dağlık Karabağ Özerk Oblastı'nın Ermenistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlanmasını isteyen Ermeniler ile bunu kabul etmeyen Azeriler arasında Karabağ Savaşı çıktı. 1991'de Sovyetler Birliği resmen dağılıp yerine Bağımsız Devletler Topluluğu kurulmasının hemen ardından Azerbaycan Cumhuriyeti ile Ermenistan Cumhuriyeti arasındaki savaş sıcak çatışmaya dönüştü. Savaş öncesinde ve etnik çatışmaların sıcak savaşa dönüşmesi yüzünden Sumqayıt Pogromu, Kirovabad Pogromu, Bakü Pogromu gibi pogromlar, Hocalı Katliamı ve Maragha Katliamı gibi katliamlar yaşanmıştır. 1992'de Dağlık Karabağ Cumhuriyeti bağımsızlığını ilan etti. Ermenistan ve Dağlık Karabağ Cumhuriyeti savaştan galip çıktı. Mayıs 1994'te Azerbaycan ve Ermenistan arasında ateşkes sağlandı, hemen ardından Karabağ sorunu'nun çözümü için AGİT Minsk Grubu kuruldu. Bu sorun günümüzde de devam etmektedir. 1990'da Transdinyester ve Gagavuzya bağımsızlıklarını ilan ettiler. 1992'de Moldova'da Transdinyester Savaşı çıktı. 1994'te Gagavuzlara özerklik verildi. Bu da eski SSCB'de çözülen tek etnik sorundur. 1992 sonlarına doğru Oset-İnguş Çatışması çıktı. 1994-1996 arasında Birinci Çeçen Savaşı ve 1999'da İkinci Çeçen Savaşı yaşandı.
Eski SSCB'de ortaya çıkan bir başka etnik sorun da Abhazya ve Güney Osetya'dır. Aynı tarihlerde Gürcistan İç Savaşı çıktı. Politik karmaşalar içindeki Gürcistan, bir yandan Abhaz bir yandan da Oset ayrılıkçılarla savaşmak zorunda kalmıştır. Savaş sonunda Abhazya ve Güney Osetya bağımsızlıklarını ilan ederler. Daha sonra Gürcistan ile Abhazya ve Güney Osetya arasında 1998, 2004 ve 2008 yıllarında çatışmalar çıkmıştır. 2008 Güney Osetya Savaşı'ndan sonra Rusya, Nikaragua, Venezuela ve Nauru, Abhazya ve Güney Osetya'yı tanımıştır.