Rurouni Kenshin diğer adıyla Samurai X, Meiji devrimi sırasında birçok insanı öldürüp ''Katil Battousai'' lakabıyla anılan ve emperyalistlerin en güçlüsü olduğu söylenen bir suikastçi olan Himura Kenshin'in; hayatını değiştiren bir olaydan sonrasını konu alır.
Artık devrimin üzerinden 10 yıl geçmiştir ve devrimin başarıya ulaşmasında önemli rol oynayan ancak devrim sonrasında ortadan kaybolan ve bir efsane haline gelen Battousai'nin yeri hala bilinmemektedir. Kenshin katil kimliğini geride bırakmış ve ne pahasına olursa olsun bir daha asla kimseyi öldürmemeye karar vermiştir. Bir katil için mükemmel olan Hiten Mitsurugi Stili'ni kullanmasına rağmen onun kılıcı artık öldürmek amacıyla kullanılmamaktadır. Elindeki kılıç, keskin tarafı tersinde olan kör bir kılıçtır. Yardıma ihtiyacı olanlara kimseyi öldürmeden yardım edebileceğine inanmaktadır. Kendisini gittiği yerlerde gezgin olarak tanıtıp sürekli seyahat etmektedir. Bir kasabada tesadüfen karşılaştığı ve hayatını kurtardığı Kamiya Kaoru; bir süreliğine kendi dojosunda kalmasını ve kendisine yardımcı olmasını ister. Kenshin'in bunu kabul etmesiyle hikaye başlar. Acaba geçmişi Kenshin'i rahat bırakacak mıdır?