Roman,Harry Potter ve onun kuzeni Dudley'e ruh emicilerin saldırmasıyla başlar.Harry,ruh emicilere karşı bir muggle önünde büyü yaptığından dolayı suçlanır ve büyü bakanlığına mahkemeye çağrılır; fakat Harry mahkemede tüm suçlardan aklanır.Dumbledore, Voldemort'un geri dönmesinden dolayı Zümrüdüanka yoldaşlığını tekrar toplar.Zümrüdüanka yoldaşlığı Voldemort'a karşı kurulmuş gizli bir örgüttür.Harry ve Dumbledore'nin Voldemort'un geri döndüğünü söylemelerine karşın sihir bakanlığı ve büyücü dünyası buna inanmamaktadır.
Hogwarts'ı kontrol altında tutmak için sihir bakanlığı okula Dolores Umbridge adında bir bakanlık üyesi atar.Dolores Umbridge, Hogwarts'ı yarı diktadörce yönetmeye çalışır.Öğrencilerin karanlık sanatlara karşı büyü öğrenmelerine karşı çıkarak karanlık sanatlara karşı savunma dersindeki büyü kısmını müfradattan çıkarır.Bunun üzerine Harry, Hermione ve Ron'un ısrarıyla Dumbledore'un Ordusu adıyla gizli bir grup kurar.Grubun amacı öğrencilerin karanlık sanatlara karşı büyü alıştırması yaparak kendilerini savunabilmelerini sağlamaktır.Harry Voldemort'la arasında telepatik bir bağ olduğunu anlar ve Voldemort'un birçok faaliyetini görebilir fakat daha sonra Voldemort da bunu anlayacaktır.Romanın ileriki kısmında Harry ve arkadaşları ölüm yiyenlerle karşı karşıya gelirler.Bunlara yardıma gelen zümrüdüanka yoldaşlığı üyelerinin de katılımıyla büyük bir düello başlar ve bu düelloda Sirius Black kuzeni Bellatrix Lestrange tarafından öldürülür.Daha sonra Dumbledore'nin de gelişiyle birçok ölüm yiyen yakalanır fakat bundan da önemlisi Voldemort'un geri döndüğü tüm sihir dünyası tarafından anlaşılır.